『キャプテン翼』はよくネットユーザーの批判の標的になっている。それは、アニメに多くの非科学的な点があるためである。以下は、『キャプテン翼』の非科学的な点である。
中でもおかしい点は、登場人物の体のバランスである。『キャプテン翼』少年編はまだよいが、中学時代に入ったとたんに生長ホルモン剤でも飲んだのかと思うほど2、3倍に成長し、青年編では主力メンバーの身長がぱっと見て3メートル以上ある12頭身になっている。もともと背が高くて体格のよい外国人選手は、完全に“進撃の巨人”である。
登場人物の体の成長に合わせ、作者はこの世界観における空間設定も拡張するしかなかったのだろう。たとえば、サッカーコートは限りなく広く、部屋の天井は非常に高く、ベッドは10人以上寝られるほど大きい。大空翼の部屋に関して言えば、10人いてもまだ余裕がある。実際にこのような大きな部屋は日本の民家ではほぼありえない。